对民间借贷纠纷案件进行调解后出具调解书的，如果对调解书有异议的，不是申请撤销，而是向申请再审。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第二百零一条调解书再审
当事人对已经发生法律效力的调解书，提出证据证明调解违反自愿原则或者调解协议的内容违反法律的，可以申请再审。经人民审查属实的，应当再审。
一、调解书具有哪些效力
调解书具有以下法律效力：
(一)确定当事人间民事法律关系的效力
人民的调解书送达当事人，表明双方当事人对曾经发生争议的民事法律关系已经取得共识并得到法律的确认，原先争议的法律关系演变为无争议的法律关系，权利方应依法行使权利，义务方应依法履行义务，双方当事人从此不得对此法律关系再发生争议。这是调解书在实体法上的效力。
(二)结束诉讼的效力
当事人的调解协议是在人民主持下自愿达成的；人民根据调解协议制作的调解书和调解笔录，则是在法律上对当事人调解协议的确认。因此，人民的调解书送达当事人和调解笔录依法生效后，当事人之间的民事权益争议，在法律上已最终解决，当事人不得以同一事实和理由向人民再行起诉，这是调解在程序法上的效力。调解书和特定的调解笔录依法生效后，其法律效力同生效判决书一样，当事人即丧失了上诉权。当事人如对的调解书和调解笔录有异议，也不能提起上诉。调解协议是双方当事人根据自愿、合法的原则，经过充分协商达成的，并在调解书送达前和调解笔录依法生效前，还允许双方当事人反悔。所以对生效的调解书和调解笔录，在法律上不存在当事人上诉的问题。
(三)强制执行的效力
调解协议是双方当事人在人民主持下自愿达成的，一般情况下当事人都能自觉履行。但在司法实践中，有的当事人拒不履行调解协议确定的义务，于是就发生强制执行问题。依照法律规定，若调解书有给付内容的，一方当事人又不履行确定的义务，另一方当事人有权向人民申请强制执行。
